14 листопада 1990 р. комуністична більшість у Верховні Раді за відсутності кворуму з порушенням Закону про статус народного депутата дала згоду на арешт Степана Хмари. 17 листопада у приміщенні ВР його взяли під варту за звинуваченням у нападі на співробітника правоохоронних органів.

Інцидент трапився 7 листопада, коли на державному рівні святкували День Жовтневої революції. С. Хмара йшов підземним переходом під площею Жовтневої революції (нині Майдан Незалежності). Побачивши, як невідомий ногами б’є розкладушку, на якій лежав чоловік, депутат втрутився і вступив у бійку з невідомим, яким виявився полковник МВС Вадим Григор’єв. Це була спланована провокаційна операція за участі численної «групи підтримки», спорядженої відеотехнікою. Прокуратура УРСР постановила заарештувати С. Хмару, зазначивши, що після звільнення він «на шлях виправлення не став, скоїв цілу низку нових злочинів».

Справа отримала широкий суспільний резонанс, ставши відомою як «справа Хмари». 26 листопада він оголосив протестне голодування, якого дотримувався 18 діб. У квітні 1991 р. знову розпочав голодування, яке припинив, бо під тиском національно-демократичних сил був звільнений із СІЗО. Повернувся до депутатської роботи.

14 травня 1991 р. розпочалося слухання у справі. Біля будівлі суду по вул. Володимирській, 15 зібралася група людей на підтримку С. Хмари. На акцію принесли плакати, транспаранти тощо. Зазначений плакат передали співробітникам музею в день акції.

Степан Хмара відмовився з’являтися до суду на знак протесту, внаслідок чого 18 липня 1991 р. київський ОМОН взяв штурмом номер у готелі «Україна», в якому Хмара забарикадувався разом із журналістами і побратимами. Тоді його силою доправили до суду. Після провалу ДКНС (ГКЧП) і розпаду СРСР справу закрили.