Наприкінці XVII ст., після Руїни, ситуація в Гетьманщині стабілізується. Чисельність студентів Могилянської академії суттєво зростає, тож виникає потреба у новому навчальному приміщенні. Спорудження академічної будівлі задумується ще в 1690-і рр., але тільки у 1704 р. спудеї отримали нове одноповерхове приміщення. Втілення початкового задуму довершено аж у другій половині 1730-х рр.
Втілення початкового задуму довершено аж через три десятиліття під наглядом архітектора Йогана-Ґоттфріда Шеделя та за підтримки київського архиєпископа Рафаїла Заборовського, який пожертвував на добудову велику суму – 1640 рублів. Фіналом робіт стало освячення в 1740 р. Благовіщенської церкви – студентського конґреґаційного храму. В корпусі існувала чітка градація аудиторій. На першому поверсі найдалі від церкви студіювали вихованці найнижчих шкіл. На другому поверсі далі від конґреґаційної церкви були філософи, найближче до неї – спудеї найвищого рівня навчання – богослови. Між аудиторіями філософів і теологів розміщувалася конґреґаційна зала, де відбувалися найурочистіші академічні церемонії, приймалися найпочесніші гості, навіть монархи.
У XIX ст. вигляд корпусу, що вже належав Київській духовній академії, було дещо змінено. Відкриті галереї замурували, зробили новий вхід на 2-й поверх. Від кін. 1920-х рр. тут розмістилася частина бібліотеки ВУАН (згодом – АН УРСР), а від поч. 1990-х рр. будівлі повернуто її першопочаткове призначення – як університетської споруди, перлини кампусу відродженої Києво-Могилянської академії. Нині корпус перебуває на капітальній реставрації. Ще у другій половині XX ст. він став символом української науки. Для Києва корпус – це ще й одна із небагатьох збережених пам’яток архітектури козацької доби.
Представлений в експозиції макет показує, як міг виглядати корпус до змін у XIX ст. Креслення, плани реальної будівлі XVIII ст. невідомі, тож реконструкцію зроблено на основі візуальних схематичних зображень, що дещо різняться, а також результатів вивчення споруди, котра дійшла до нашого часу. Макет виготовлено на замовлення історичного музею у Науково-дослідному інституті теорії та історії архітектури і будівельної техніки, що перебував у складі Академії будівництва й архітектури УРСР, і прийнято на зберігання наприкінці 1961 р.
